L’IREPS est membre de la Fédération Nationale d’Éducation et de Promotion de la Santé (FNES). Elle développe ses activités selon les principes de la Charte d'Ottawa (OMS, 1986), et dans l’esprit de la Charte des acteurs de l’éducation pour la santé en Bourgogne. Elle agit avec l’ensemble des acteurs des secteurs sanitaire, social, éducatif.

L'action de l'Ireps s’appuie sur un ensemble de valeurs fédératives :
· Vision globale de la santé
· Reconnaissance de l’individu et de ses conduites dans leur complexité
· Respect des équilibres individuels et sociaux
· Démarche de promotion de la santé
· Approche participative et démocratique
· Équité et réduction des inégalités de santé