L'Ireps est structurée autour d’un siège régional, basé à Dijon, et de 8 antennes départementales (Côte-d’Or, Doubs, Jura, Nièvre, Haute-Saône, Saône-et-Loire, Yonne et Nord Franche-Comté). L’équipe est composée de 40 salariés. Le Conseil d’Administration est présidé par le Dr Pierre Besse, psychiatre, et l'association dirigée par le Dr Isabelle Millot, médecin de santé publique.